琼结，在不同历史时期的藏文史籍中，又称琼巴、琼瓦、琼垅、琼域和钦哇钦域，杜佑《通典》称疋播城，《新唐书》的吐蕃传和地理志分别称作跋布川、勃令驿等。“琼结”的藏语含意不十分确定，释义歧异，说法颇多。传说古代有一种鸟，藏语称作甲琼，因此有人说琼结似可释为腾飞鸟；琼结宗政府所在地青瓦达孜宫地势如将要跃起的雄狮，故有人将它释为“跃狮”；琼结县内有琼布罗布山（宝石山），位于琼果区和哲古草原之间，故取名琼结；还有人说，琼结是房角尖翘起多层的意思，形容房舍多而繁华。
大约在公元前3世纪，以聂赤为首领的部落居民已经活动于包括琼结在内的雅砻河谷流域。传说聂赤是“天神六父王”的后代，做了“六牦牛部”的首领。唐蕃会盟碑中称聂赤赞普为“神圣赞普鹘提悉补野”，意为“神圣的光照人间的悉补野部落首领”，“六牦牛部”和“悉补野部落”皆指雅砻部落。
悉补野部落第七代止贡赞普被臣下罗阿木达孜杀死，夺取其地为王，将止贡之妻降为牧马人，将止贡赞普的两个儿子聂赤和夏赤流放到工布地区（今林芝地区）。止贡赞普的遗腹子茹勒杰长大成人后，迎请其二哥夏赤为悉补野部落赞普，寻找机会为父母报仇，并成功潜入罗阿木达孜的驻地娘若香波城堡，将罗阿木达孜杀死。
6世纪—7世纪，雅砻部落首领囊日论赞以琼结为根据地不断发展壮大其部落力量，势力以达工布、娘布、达布乃至苏毗茹等地，即今米林、林芝一带，江北至拉萨的广大地区，从而奠定了吐蕃政权的基础。
630年，13岁的松赞干布继赞普位。644年统一了诸部，建立吐蕃政权。647年，将政权中心从琼结向拉萨河流域迁移。松赞干布继赞普位后，将吐蕃划分为5茹。“茹”，是军政合一的行政组织形式，从管辖范围看，相当于今西藏的几个县或者更大的辖区。茹下又分61个东岱，即61个千户。
琼结属约茹琼垅千户。约茹以今乃东县昌珠镇为中心，下辖10个千户，琼垅千户为其中之一。约茹琼垅千户就是琼结县最早的建置。
11世纪，西藏各派宗教和政权势力逐渐发展壮大，噶举派中的帕竹势力在卫藏兴起，其支系雅桑巴在雅砻地区业兴旺起来，辖雅砻河流域，其宗教和政治影响遍及山南各地。琼结在雅桑巴的统治范围内。
13世纪，元朝统一全中国，在西藏设立13万户，委官治理，万户长由地方推荐，由元朝中央的宣政院委任。在雅砻河流域，设有雅桑万户（今乃东县），另在琼结宗境内设有唐波切八千户，在管辖范围上比其它万户小，故称作“八千户”。今琼结县下水乡唐布齐村即为唐波切八千户的官衙驻地，称作苏纳唐波切。
1335年，绛曲坚赞33苏出任帕竹万户长时，雅桑万户因积怨终于终于引发争斗，和止贡万户、蔡巴万户等联合与帕竹万户兵戎相见，战争以绛曲坚赞的胜利而结束。1354年，绛曲坚赞建立帕竹地方政权，推广帕木竹巴庄园制度（即宗谿卡制度），在西藏各地建立13个大“宗”。宗的长官称为宗本，有绛曲坚赞任免。
1913年，从印度回到西藏的十三世达赖喇嘛推行新政，在山南设立“洛基”18个宗，其中又分为大宗和小宗，琼结宗是山南的大宗之一，今琼结县委琼结宗辖地。此宗的范围除包括现在的全县范围外，还包括措美县的哲古区、固堆区以及乃东县的哈拉岗等区。
1956年5月，成立山南基巧办事处。10月，成立琼结宗办事处，隶属于山南基巧办事处。办事处属于带有人民政权性质协商过渡的办事机构，与西藏地方政府政权机构基巧和宗并存。1957年5月，办事处撤销。
和平解放后，在大多数汉文材料、书籍中，琼结两字的汉文都写成“穷结”。1980年后，全县干部群众愈来愈感到用“穷结”两字翻译县名不妥，因为按汉字“穷结”的字义解释，就是“贫穷疙瘩或者是贫穷交加”的意思。后由自治区人民政府上报国务院更改县名。1986年4月7日，经国务院批准，将“穷结”正式改为“琼结”。
