琼结县位于喜马拉雅山以北，雅鲁藏布江中游雅砻河谷地。全县地势自西南向东北倾斜，西南最高点雍达拉海拔5478米，东北最低处（与乃东卡多乡交界的琼结河谷）3620米。三叠系灰岩、砂岩、页岩和变质岩覆盖面积占80%以上，白垩系的棕红、灰绿色碎屑岩、灰绿色硅质页岩、凝灰岩和玄武岩占10%左右，基性岩和超基性岩分布甚少。已查明的主要矿产物质资源有水晶石、玉石、铬铁等。
琼结县总地势是西南高、东北低。这主要是由于喜马拉雅山运动之后，受到雅鲁藏布江水系的侵蚀与切割，地形破碎而复杂，出现低一级的近期侵蚀—堆积地形面。同时喜马拉雅山系依然屹立于这些地形面之上，造成占巴雄曲以南主要高山峡谷，平均海拔4500米以上。倾国和两岸山脉走向差异较大，成近90°的交叉，左岸山脉为东北至西南走向，右岸山脉为西北至东南走向，山谷有三叠红灰岩、砂岩，土壤层相对较薄。北部以宽谷为主，海拔相对较低，主要出现有三叠系的砂岩、板岩，谷坡较缓，植被少而稀疏，剥蚀和侵蚀相对较强烈，地表冲沟发育，多发育成冲积、洪积扇，土壤发育较好，土层相对较厚，是琼结县农业生产的主要地区。
琼结县位于西藏自治区南部、雅鲁藏布江中游南岸的琼结河谷地。西、南、北三面环山，东面为狭窄谷地，地势西高东底。属高原温带半干旱季风气候区，主气候特征为日照时间长、干湿季分明，降水集中，气候干燥，冬春多大风。年平均气温为6.5℃，极端最高气温为28.9℃（2005年7月31日出现），极端最低气温为-16.8℃（2008年2月2日出现），年日照时数为2635.8小时，年平均降水量为435.9毫米，降水主要集中在5-9月雨季，夜雨为主，昼夜温差加大。初霜日为9月27日，终霜日为4月5日，初终日数为167天，无霜期165天，年平均雷暴日数为76天，年平均大风日数为60天。主要气象灾害有干旱、冰雹、洪涝、雪灾、霜冻、大风、雷电。
琼结县水系属琼结河水系。琼结河是雅砻河最大支流，发源于海拔5487米的雍达拉山，全长约70公里，流域面积达1047平方公里，其中最大的支流有琼果河、加麻河和曲沟河三条。
