琼结县位于山南市南部，东北与乃东区(山南市政府驻地)接壤，西与扎囊县毗邻，南与措美县相邻，国土面积1030平方千米，地理北纬28°48-29°12',东经91°22-91°47'，全境长44千米， 境内有一条季节性河流琼结河贯穿全境流人雅砻河至雅坐标为鲁藏布江。行政区划代码540524。 县城距山南市驻地乃东区28 千米。
琼结县地处藏南谷地，雅鲁藏布江中游南岸的琼结河谷地带。全县地势西高东低， 西、南、北三面环山，东面为狭窄谷地，平均海拔3761米。
琼结县属高原温带半干旱季风气候区，主气候特征为日照时间长，干湿季分明， 降水集中，气候干燥，冬春多大风，各类气象灾害和次生衍生灾害频发。2024年，年平均气温9℃,与多年平均值(7.5℃) 相比偏高1.5℃,年极端最高气温28.1℃,出现在6月23日， 年极端最低气温为-13.7℃,出现在1月20日；年总降水量为310.5毫米，与历年平均值(364.8 毫米)相比较偏少14.88%,一日最大降水量为20毫米，出现在6月27日；出现57次大风天气过程，瞬间极大的最大风速为23.3米/秒，出现在12月8日；年总日照时数2457.1小时， 与历年同期值(3153.9小时) 相比偏少22.09%;年最大冻土深度为16厘米，出现在1月18 日，无霜期136天。
琼结县国家重点保护野生动物有藏羚羊、岩羊、 黑颈鹤、雪豹、天鹅、獐子、 藏野驴等。
琼结县野生植物有虫草、贝母、雪莲花、麻黄、 红景天等。
琼结县探明矿产资源有锑、铬、铁、水晶石、 玉石等。
2024年，琼结县有林地面积26399.97公顷，森林面积24189.6公顷，占林地面积的91.62%,森林覆盖率25.4%。
